Im Jahre 1529, als die Türken ihren Rückzug aus Wien als geschlagenes Heer antraten, zündeten sie die Stadt und die Burg an. Zu diesem Zeitpunkt wurde die zweitürmige, romanische Kirche und die aus dem Mittelalter stammende Urkundei des Komitates, gemeinsam mit vielen anderen Werten zerstört. Viel Leid verursachten ebenfalls die um den Besitz des Landes kämpfenden Armeen von Szapolyai János und Ferdinand dem Zweiten. Nach dem Auftritt von Martin Luther verbreiteten sich die Lehren der Reformation schnell. Bis Mitte des 16. Jahrhunderts waren die Hälfte der Einwohner von Magyaróvár Protestanten. Damals ließ sich Gál Huszár, Gelehrter, Prediger und Wander-Buchdrucker, in der Stadt nieder. 1555 gründete er die erste Schule Magyaróvárs, und unterrichtete auch in Moson. Aus seiner Druckerei stammen drei bedeutende Werke aus Sicht der Religion und der Literatur. Ebenfalls hier begann er mit der Anfertigung seines berühmten protestantischen Gesang-buches, welches er allerdings wegen den ständigen Molesten in Debrecen beendet hat. Ein Kammerbeschluss von 1672 verbot in der Stadt die Ausübung der protestantischen Religion, ihre Schule und die Kirche wurde geschlossen. Die Stadt führte die präjudizierliche Gegen-reformationsbestimmung nur zum Teil durch, und so wurde niemand zur änderung seiner Religion gezwungen.

Da Moson und Óvár oft auf dem Weg der Heere lag, zündeten nach der Verwüstung der türkischen und deutschen Söldnern im 16. Jahrhundert die Heiducken von Bocskai die Burg 1605 an, und im Jahre 1619 wurde sie von Gábor Bethlen für 2 Jahre besetzt. Nach der Besetzung von Buda und dem Fall von Győr im Jahre 1594, wurde die Burg anhand von italienischen Genieoffizieren verstärkt und modernisiert, die sternförmig platzierten Türme wurden mit einem, durch Steinmauerung verstärkten Erdwall verbunden. 1607 wurde die an den zwei Ufern der Leitha stehende herrschaftliche Mühle umgebaut und mit modernen Anlagen ausgestattet. Der Zoll, der bezüglich der aus dem Land gebrachten Tiere und Produkte eingehoben wurde, wuchs rapide, die Einnahmen nach dem sogenannten Dreißigstel Zoll von Magyaróvár machte die Hälfte der Zolleinnahmen des Landes aus. Diese immense Summe verwendeten die Habsburger allerdings meistens zur Deckung ihrer familiären Ausgaben, die Stadt erhielt davon nur ein geringen Anteil. Obwohl die Eigenständigkeit, und die Sonderrechte der Bürger von Magyaróvár durch das Gesetz von 1556 gesichert wurden, und die auch von Ferdinand 1557 und Miksa Erzherzog 1558 bekräftigt wurden, kämpfte die Stadt andauernd um die Geltendmachung ihrer Rechte mit der Burgherrschaft. Die Kosten des Militärs bedeuteten eine große Last für die Einwohner, und die Soldaten und die Burghauptmänner scheuten auch vor Übergriffen nicht zurück.

Immer Anfang des Jahres fanden sich die Bürger nach dem Gottesdienst im Rathaus zusammen, und wählten in geheimer Abstimmung einen Richter. Bürger konnte nur der sein, der ein Haus oder ein Gewerbe in der Stadt hatte. 1584 betrug die Zahl der, die Stadt leitenden Bürger 54, und auch nur ein Jahrhundert später betrug ihre Zahl 63. Die Hauptaufgabe des Stadtrichters war Gewährleistung der Ordnung der Stadt und des ruhigen Lebens und der Geltendmachung der Rechte. An Gerichtstagen fällte er in seinem Hause Urteile, während im Rathaus der Notar die Verwaltungsangelegenheiten leitete. Abends wurden die Stadttore geschlossen, und ab diesem Zeitpunkt war es verboten, sich auf der Straße aufzuhalten. Die Bürger der Stadt organisierten die Feuerwache, und zum Schutz der Bevölkerung die Bürgerwache. Im 17. Jahrhundert wurde für die Armen sogar ein Armenhaus gegründet. Im Jahre 1665 stieg als Mitglied einer türkischen Delegation in der Stadt der berühmte Reisende Evlia Cselebi ab, der anhand seiner eigenen Erlebnisse das damalige Óvár beschrieb. Zu dieser Zeit waren die zwei berühmten Gasthöfe der Vorfahren (Ranthof) des Fekete Sas (Schwarze Adler) und außerhalb der Stadtmauern der riesige Ökör (Ochsen) Gasthof.

Im Jahre 1683 nach der erfolglosen Belagerung Wiens haben die Türken Moson, Óvár und fast alle Siedlungen des Komitates niedergebrannt. Zu diesem Zeitpunkt wurde fast die ganze Urkundei der Stadt zerstört, und damit auch die Dokumente der Innungen. Ab 1640 waren bereits Schirr- und Sattlermacher, Kürschner, Donaumüller, Schuster, Fassbinder, Knopfmacher und Mosoner Tauschläger tätig. Ab 1609 wurden zum Aufbau der Kirche in der städtischen Ziegelfabrik Ziegel zwei Jahre lang gebrannt.

Zur Zeit des Rákóczi Aufstandes konnten die Kurutzen in der Stadt nicht dauerhaft Fuß fassen, und nach dem Sturz des Freiheitskriegs wurde die Ausrüstung der, ihre militärische Bedeutung verlorenen Burg 1712 nach Pressburg gebracht. Durch die Gegenreformationsmaßnahmen und die wirtschaftliche Macht der Gutsherren unterstützt bauten die Reichsverweser des Habsburger Besitzes die schwer bewahrten Privilegien der Stadt allmählich ab. Nur einige Richter wagten es sich den übermächtigen Gutsherren entgegenzusetzen. Von diesen war András Kehrling der mutigste und erfolgreichste, allerdings gelang auch ihm nicht die zur ewigen Befreiung der Stadt nötige Summe, wegen der Kriegsschatzung der Kurutzen, zusammenzutragen. Im Jahre 1716 hob die Hofkammer die wirtschaftliche Unabhängigkeit der Stadt auf, und nach einigen Jahren wurden auch die Patronatsrechte von den Gutsherren an sich gerissen. Nach Beendigung der Kriege erlebte der Handel und das Innungsgewerbe in Moson und Magyaróvár wieder einen Aufschwung. Neben dem blühenden Viehhandel wächst ab der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts die Bedeutung des Getreidehandels Mosons und der Mühlenindustrie immer mehr.
Im Jahre 1743 wurde die Taxe der am Ufer der Donau anlegenden Schiffe auch offiziell bestimmt, und im Interesse des störungsfreien Transportes wurde die Reinigung des Flussbettes der Mosoner-Donau verordnet. In diesen Jahren festigte sich die Position der alten Innungen, und sogar Neue wurden gegründet. In Óvár ist die Apotheke zur Helfenden Maria seit 1690 tätig, und zur Verbesserung des Gesundheitswesens wurde seit 1736 ein Stadtarzt engagiert.
Ein bedeutendes Ereignis im Leben der Stadt war, dass im Jahre 1739 aus dem Nachlass der Familie Zsidanits ein Piaristen Gymnasium gegründet wurde. 1766 schenkte Maria Theresia ihrer Tochter, Maria Christina das Magyaróvárer Hofgut. Das Hofgut wurde ab 1770 mit Blutbann ausgestattet, welches die Demütigung des Stadtvorstandes ermöglichte. Josef der Zweite vereinte die Komitate Győr und Moson durch eine Verordnung, und während seiner Herrschaft verfügten die Gutsherren mit Vollgewalt über die Stadt. All dies erweckte großen Widerwillen unter der Bevölkerung, aus diesem Grund wurde 1794 eine Delegation nach Wien und nach Buda zum Zweck der Beseitigung der Missstände, entsandt. Als Ergebnis dieser Mission schlossen die Eigentümer nach einer Verhandlungszeitdauer von 2 Jahren mit der Bezeichnung Liber Regulationis eine Vereinbarung mit der Stadt, die bis zum 2. Weltkrieg das Verhältnis der zwei Parteien regelte. 1809 brauchten die Soldaten Napoleons die Vorräte der Stadt so weit auf, dass der geplante Loskauf überhaupt nicht in Frage kommen konnte.

Herzog Albert Kasimir, Eigentümer der Magyaróvárer Länderei, gründete 1818 eine Wirtschaftslehranstalt, damit er für seine Besitztümer Fachleute mit einer Hochschulaus-bildung ausbilden konnte. Dieses Institut war mit einer Unterbrechung von mehreren Jahren abgesehen, kontinuierlich tätig, und sein Rechtsnachfolger ist die heutige Universität. Die berühmten Professoren des Institutes verschafften der Universität von hohem Niveau einen Namen, und machten die Landwirte mit fortschrittlichen Methoden bekannt. Weiterhin übernahmen sie eine bahnbrechende Rolle in der Forschung und Entwicklung. 1776 gründete Maria Christina eine Tuchfabrik in Moson, zur Verarbeitung der Wolle der auf ihren Grundstücken gezüchteten Schafen, die bis 1809 in Betrieb war. 1835 gründete Sándor Czéh, erfolgreicher Buchdrucker, eine Werkstatt in der Stadt. Im Jahre 1847 wurde Graf István Széchenyi zu einem der Abgeordneten von Moson zur Reformabgeordnetenversammlung gewählt.