Die Nachricht über die im März stattgefundene ungarische Revolution gelangen bald nach Óvár und Moson. Czéh Sándor gab mit dem Titel Der Emancipierte Satanas eine, die Wiener Regierung kritisierende Zeitung heraus, die als erstes Periodikum des Komitats Moson betrachtet werden kann. Im Sommer 1848 wurde die Bürgerwache der zwei Siedlungen organisiert, die allerdings gezwungen war am 8. Oktober wegen der Übermacht von Jellasich den Rückzug anzutreten, die hinterlassenen 40 Soldaten wurden allerdings von den Husaren der befreienden ungarischen Armee niedergemetzelt. Am 23. Oktober sprach Lajos Kossuth eine Rede vom Balkon des erzherzoglichen Schlosses. Im Dezember eroberte Oberbefehls-haber Windischgrätz die Stadt zurück, und damit begann eine neue dauerhafte Oberhoheit der Habsburger in den beiden Siedlungen.

1842 haben die erzherzoglichen Gutsherren das im Mosoner Hafen errichtete Getreidelager in eine Zuckerfabrik umgebaut, die bis zu ihrer Auflösung im Jahre 1873 die Zuckerrübenernte der Umgebung verarbeitete. 1855 wurde die erste Bahnstrecke zwischen Győr und Bruck gebaut, ab diesem Zeitpunkt wurde das Ladegut der Schiffe in der hiesigen Eisenbahnstation auf Wagons verladen. Die 1856 gegründete Mosoner Maschinenreparaturwerkstatt wurde von Ede Kühne zu einer berühmten landwirtschaftlichen Maschinenfabrik ausgebaut. 1899 gründete die Hirtenberger Munitionsfabrik in Magyaróvár einen Zweigbetrieb. 1913 wurde hier mit dem Bau der großen Waffenfabrik der Monarchie begonnen, die nach dem Frieden von Trianon abgebaut und zum größten Teil vernichtet wurde. Auf dem gewaltigen baureifen Gelände wurde 1923 die erste Kunstseidenfabrik des Landes in Betrieb genommen, 1934 die erste Tonerdefabrik, und 1935 die Zahnbürstenfabrik.

1863 wurde das Karolina Krankenhaus in Magyaróvár eröffnet, und auch die ärztliche Versorgung der sozialen Einrichtungen (Armenhaus, Unterkunftshaus) wurde geregelt. Der erste Kindergarten wurde in Moson 1881 von Károly Ostermayer gegründet, 1882 wurde der Geschichts- und Altertumsverein erschaffen, der das Museum gründete. 1874 bekam das wirtschaftliche Lehrinstitut den akademischen Rang verliehen, dessen Lehrer mehrere Forschungsinstitute in Magyaróvár gründeten.

Infolge des Friedens von Trianon wurde die Eigenständigkeit des Komitats Moson aufgehoben, es verlor fast Zweidrittel des Gebietes, und auch Óvár und Moson wurden vom größten Teil ihrer wirtschaftlichen Kontakte getrennt. Ende 1930 lebten in Magyaróvár 7287 Ungarn, 1205 Deutsche und 41 Kroaten, in Moson betrug die Zahl der ungarischen Einwohner 4619, es gab 1701 deutsche Einwohner und 61 Kroaten und Slowaken. Schon 1908 tauchte der Gedanke der Vereinigung der zwei Siedlungen auf, die schließlich durch den Beschluss des Innenministeriums ausgesprochen wurde, und von den beiden Gemeinderäten am 28. Juni 1939 zeremoniell bewilligt wurde. Gemäß den Daten der 1941 durchgeführten Volkszählung waren 83 % der 17 073 Einwohner Ungarn, 13 % Deutsche, 3 % Juden und 1 % gehörten sonstiger Nationalitäten an. Ungarns Wirtschaftspolitik während des Krieges brachte auch in Mosonmagyaróvár einen Aufschwung mit sich. Es gab keine Arbeitslosigkeit, die Industrie und die Bauindustrie beschäftigte 47,5 % der Menschen, 17,8 % arbeiteten in der Landwirtschaft, und 8,4 % im Verkehr, im Handel und in verschiedenen Dienstleistungen. Die Produktion der Kühne Landwirtschaftlichen Maschinenfabrik stieg von 1939 bis 1943 auf fast das dreifache, die Jagdpatronenfabrik und die Bauxit Industrie Ag. wurden ebenfalls zum Rüstungsbetrieb umgebaut.
Im Herbst 1942 bekam die Landwirtschaftliche Akademie den Hochschulrang verliehen, und die 4 jährige Schulung wurde eingeführt. Im Mai 1944 wurden 466 Juden aus Mosonmagyaróvár deportiert, bis zu den letzten Tagen des Kriegs wuchs die Anzahl der Einwohner auf 45 000. Ende März 1945 sprengten deutsche Soldaten die Brücken der Stadt und den Radiofunksendeturm. Am 1. April besetzten die russischen Truppen ohne größere Gefechte die Stadt.