Die Geschichte der Stadt bis 1526 Mosonmagyaróvár kam aus der 1939 stattgefundene Vereinigung der zwei Stadtteile zustande. Der Name Moson ist wahrscheinlich vom Slowakischen abgeleitet, und bedeutet Burg im Sumpf. Die erste Erwähnung stammt aus dem Jahre 1046 als Musun, der deutsche Name (Wieselburg) deutet auf die, sich einst auf dem Gebiet befindliche mittelalterliche Burg hin. Der Ortsname Óvár hängt wahrscheinlich mit dem römischen Kriegslager Ad Flexum zusammen, welches sich auf dem Gebiet der heutigen Innenstadt und der Burg befand. Die erste Erwähnung des Namens Mosonmagyaróvár stammt aus dem Jahre 1263 als Ouwar, der deutsche Name Altenburg ist aus dem Jahr 1271 bekannt. Das Vorsetzwort Ungarisch (Ungarisch Altenburg) diente zur Differenzierung von Németóvár (Deutsch Altenburg), welches sich östlich von Wien befindet.

Mosonmagyaróvár und die Umgebung war vermutungsweise seit der frühen Periode der Geschichte der Menschheit bewohnt, archäologische Beweise wurden allerdings nur aus dem 5. Jahrhundert vor unserer Zeit gefunden. Über das Gebiet Mosonmagyaróvár gibt es nur seit der Zeit archäologische Funde, seit man ab dem 1. Jahrhundert n. Chr. das spätere Gebiet des Komitates Moson als Teil von Pannonien dem Römischen Reich angeschlossen hat. Seit dieser Zeit verlief die Grenze des Reiches entlang der Donau, dessen wichtiger strategischer Punkt das neben der Mosoner Donau errichtete militärische Lager war. Obwohl die Errichtung von Ad Flexum vor allem militärische Gründe hatte, wurde die Entwicklung der sich neben dem Lager entstehenden Siedlung dadurch gefördert, dass auf der hier entlang laufenden Militärstraße der ostwestliche Handel abgewickelt wurde. Hinter der modernen Schutzlinie fühlte sich die neben dem Militär entstandene Industrie- und Handelsschicht in größerer Sicherheit. Allerdings erwies sich auch diese als zu schwach, als zwischen 169-171 die am linken Ufer der Donau lebenden Germanen mit großer Gewalt die Grenze durchbrachen. In den, während dieser drei Jahre geführten Kämpfen wurde die neben dem Limes und dem Lager befindliche Siedlung fast komplett zerstört.
Später, im 3. Jahrhundert fand hier erneut ein Aufschwung statt, aus dieser Zeit wurden viele Funde geborgen (Schmucksachen, Gefäße, Bronze- und Keramikgegenstände). Die Anzahl der Einwohner der Siedlung betrug 3000-4000 Mann, und das Truppenlager befand sich auf dem Gebiet der heutigen Magyar utca (Ungarische Straße) bis zur Mitte der Károly liget (Karl-Au). Nach dem Tod von Valentinianus im Jahre 375 waren die Einwohner wegen den Angriffen der Hunnen gezwungen zu fliehen, und während der späteren langobardischen und awarischen Herrschaft wurde die Siedlung und der größte Teil des Lagers wahrscheinlich zerstört.
Die Bezeichnung Óvár (Altenburg) bestätigt, dass einige Teile der Siedlung und des Lagers auch noch im Zeitalter der Arpaden bestanden haben muss, und diese bildeten die Basis auf der die mittelalterliche Stadt aufgebaut werden konnte.

Nach dem Sturz des awarischen Reiches im Jahre 796 schloss Karl der Große die Gebiete der Mosoner Donau, die vor allem von Slowaken bewohnt waren, an sein Reich an. Die Rolle von Moson wuchs zu dem Zeitpunkt, als Stephan der Erste als Basis der zentralen Macht und zum Schutz der Grenzen ein Komitatszentrum und eine Königsburg erbaute. Die Siedlungen der Umgebung organisierten sich um diese, aus Balken zusammengefügte Mosoner Vogt-Burg (Királydomb – Königshügel). Der innere Umfang dieser später mit einer Steinwand gefestigten Schanzenburg betrug 150-170 x 70- 90 m. Moson wurde in den Chroniken des 11. Jahrhunderts als starke Burg und belebte Handelsstadt erwähnt. Trotzdem konnte die Besatzung im Jahre 1030 nicht verhindern, dass der deutsche Kaiser Konrad der Zweite mit seinem mächtigen Heer die Burg besetzt und bis zum Fluss Rába vordringt.
Zwischen 1063 und 1067, also während der Zeit der Thronstreitigkeit, hielt sich König Salamon oft in der Mosoner Burg auf. Eine weitere wichtige Rolle spielte die Burg während der Kreuzzüge im Jahre 1096, als König Kálmán zwischen Moson und Győr das 15 Tausend Soldaten große schwabische-bayerische Heer bezwang, und im selben Jahr die Armee von Graf Emicho mit 30 Tausend Soldaten in die Flucht schlug. Moson machte im Laufe des 13. Jahrhunderts eine große Entwicklung mit.
Die Donau und die einstige römische Straße waren wichtige Handelsrouten, auf denen der Königszoll eingesammelt wurde. Schiffmühlen mahlten auf der Mosoner Donau das Getreide der Umgebung, und die Aufrechterhaltung der Häfen war mit geringfügiger industriellem Aufschwung verbunden. Eine Urkunde erwähnt auf dem Markt der Burg ein großes Steinhaus, und schon ab dem 11. Jahrhundert könnte in der Mitte der heutigen Soproner Straße eine Steinkirche gestanden haben. Dieser Entwicklung setze der Feldzug des Tschechenkönigs Ottokar II. im Jahre 1271 ein Ende, im Laufe dessen die Mosoner Festung dermaßen zerstört wurde, dass unsere Könige einen Neuaufbau nicht für lohnenswert fanden, und so wurde der Sitz der Vogtei nach Óvár verlegt.

Der Bau der Óvárer Burg wurde von Konrad, der aus dem Győrer Haus stammte, begonnen, der dafür von Béla dem Vierten Besitztümer auf dem Gebiet des Komitates Moson erhielt. Kun László überließ ihm im Jahre 1282 die Hälfte der dem König zustehenden Abgaben, damit er seine rühmliche burgbauende Tätigkeit fortsetzen konnte. Zum Schutz seiner Anwesen wendete sich Konrad mehrmals an die Feinde des ungarischen Königs, an den Tschechenkönig Ottokar der Zweite und an den österreichischen Fürst Albert. Aus diesem Grund wurden dem Abtrünnigen seine Grundstücke im Komitat Moson aberkannt, und obwohl er große Verdienste bezüglich der Entwicklung von Óvár leistete, starb er letztendlich auf seinem Anwesen im Komitat Baranya. In den Jahren um 1270 und 1280 wurde wahrscheinlich der etagenförmige Wohnturm der Óvárer Burg erbaut und ebenfalls die erste romanische Kirche der Stadt. Ab 1291 wird Óvár als Anwesen der ungarischen Königinnen erwähnt.

Die früheste Siedlungsebene von Magyaróvár entstand nach der Verwüstung der Mosoner Burg, als die übrigen Einwohner hier Schutz suchten. Im 14-15. Jahrhundert wurden im großen und ganzen dem heutigen Straßennetz entsprechend mehrstöckige Ziegelgebäude errichtet. Zu diesem Zeitpunkt entstanden die zwei Straßen der Innenstadt (Főutca – Hauptstraße, Magyar utca – Ungarnstraße), zwischen ihnen kleinere Gassen und Plätze. Zur Entwicklung von Óvár trug der belebte Handel, die Industrialisierung und die in den Urkunden erwähnte hochentwickelte Mühlenindustrie bei. Neben den auf dem Fluss Lajta (Leitha) tätigen Mühlen des Königs, verfügten auch die Einwohner der Stadt über mehrere Mühlen. Königin Elisabeth erkannte die Urbanisation der Stadt an, als sie im Jahre 1354 Óvár in den Rang der Königinnenstädte hub. Damit sicherte sie der Stadt folgende Sonderrechte zu: eigene Rechtsprechung, freie Wahl des Oberpfarrers, Erbfolge und Zollfreiheit für die Bürger auf dem Gebiet ganz Ungarns. Nagy Lajos (Ludwig der Große) und auch Zsigmond (Siegmund) haben diese Privilegien bestärkt, die Stadt musste allerdings immer einen harten Kampf um die Durchsetzung ihrer Rechte führen.
Ab dem 14. Jahrhundert war die Óvárer Burg Sitz des Mosoner Obergespan, und ab dem 15. Jahrhundert gelang sie in den Besitz der Familie Wolfurt, und danach in den Besitz der Familie Szentgyörgyi (Bazini). Anlässlich ihrer Hochzeit in Buda schenkte im Januar 1522 Ludwig der Zweite seiner Frau, Königin Maria die Stadt, und von diesem Zeitpunkt an ist die Stadt eng mit den Habsburgern für viele Jahrhunderte verbunden, und wurde zu einer vorgeschobenen Bastei des Schutzes Österreichs.